Superinfection exclusion studies using West Nile virus and Culex flavivirus strains from Argentina

In Argentina, many Flavivirus were recognised including West Nile virus (WNV). During 2009 several strains of Culex Flavivirus (CxFV), an insect-specific flavivirus, were isolated in the same region where circulation of WNV was detected. Hence, the objective of this study was to analyse the effect of co-infection in vitro assays using CxFV and WNV Argentinean strains in order to evaluate if CxFV could affect WNV replication. Our results showed that WNV replication was suppressed when multiplicity of infection (MOI) for CxFV was 10 or 100 times higher than WNV. Nevertheless, in vivo assays are necessary in order to evaluate the superinfection exclusion potential.

First isolation of West Nile virus in Brazil

BACKGROUND Serological evidence of West Nile virus (WNV) infection has been reported in different regions of Brazil from equine and human hosts but the virus had never been isolated in the country. OBJECTIVES We sought to identify the viral etiology of equine encephalitis in Espírito Santo state. METHODS We performed viral culture in C6/36 cells, molecular detection of WNV genome, histopathology and immunohistochemistry from horse cerebral tissue. We also carried out sequencing, phylogenetic analysis and molecular clock. FINDINGS Histopathologic analysis from horse cerebral tissue showed injury related to encephalitis and WNV infection was confirmed by immunohistochemistry. The virus was detected by reverse transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) from brain tissue and subsequently isolated in C6/36 cells. WNV full-length genome was sequenced showing the isolated strain belongs to lineage 1a. The molecular clock indicated that Brazilian WNV strain share the same common ancestor that were circulating in US during 2002-2005. MAIN CONCLUSIONS Here we report the first isolation of WNV in Brazil from a horse with neurologic disease, which was clustered into lineage 1a with others US WNV strains isolated in beginning of 2000's decade.

Uso de ferramentas de bioinformática para estudos de epidemiologia molecular, filogegrafia e filodinâmica viral / Use of bioinformatics tools for molecular epidemiology studies, phylogeography and viral filodinâmica

As ferramentas de bioinformática tem sido amplamente utilizada para o melhor entendimento de diversos microorganismos. Neste trabalho foram realizados três estudos utilizando estas ferramentas para avaliar diferentes questões biológicas. No primeiro estudo realizou-se uma caracterização molecular de 57 sequências do gene pol, provenientes de pacientes infectados pelo HIV-1 de Salvador, Bahia, Brasil. Para identificar os subtipos e formas recombinantes do HIV-1 circulante na cidade de Salvador foi realizado análises filogenéticas, e através do algoritmo do banco de dados Stanford HIV resistance as mutações associadas à resistência aos ARVs foram detectadas. Entre as 57 sequências analisadas foram identificados neste estudo 45 (77,2%) pertencem ao subtipo B, 11 (21,0%) recombinantes BF e uma (1,8%) do subtipo F1. Além disto, uma alta frequência de eventos de recombinação entre os subtipos B e F foram detectados com 5 padrões de recombinação, duas intergênicas e três intragênicas, mostrando uma alta diversidade. As mutações encontradas com uma maior prevalência foram: I54V (PI) em 7,0%; M184V (NRTI) em 14,0% e K103N (NNRTI) em 10,5% das sequências analisadas. Estes resultados contribuem para traçar o perfil da epidemiologia molecular e diversidade do HIV-1 em Salvador. O segundo estudo avaliou a filodinâmica do HIV-1 em pares de mãe e filho infectados, e em diferentes fases da infecção, três pares na fase aguda e um na fase crônica, e que apresentavam sequências de diferentes tempos. Para este fim foi realizado inferências filogenéticas bayesianas, onde a hipótese do relógio molecular e de diferentes crescimentos populacional foram testadas. Não foi possível observar uma diferença entre a dinâmica da população viral da mãe e a encontrada no filho. Porém, quando observamos o crescimento populacional e o tamanho da população efetiva, ao longo do tempo, sequências provenientes de pares em fase crônica da infecção tem um crescimento mais constante, enquanto as sequências dos pares na fase aguda da infecção se observa uma dinâmica das populações virais, provavelmente devido à pressão do sistema imune e a não adaptação destes vírus. No terceiro estudo, 104 sequências do genoma completo do WNV, disponíveis no Genebank, foram estudadas para identificar a região genômica que apresenta máximo poder interpretativo para inferir relações temporais e geográficas entre as cepas do vírus. Alinhamentos de cada gene foram submetidos à avaliação do sinal filogenético através do programa TREEPUZZEL. As regiões NS3 e NS4 apresentaram um sinal filogenético acima de 70%, sendo as regiões mais indicadas para construção filogenética. Além disto, árvores bayesianas foram inferidas utilizando as regiões NS3, NS5 e E, onde os clados das árvores NS3 e NS5 apresentaram um maior suporte e estrutural temporal geográfica, diferente da região E. Estes achados mostram que os genes NS3 e NS5 são os mais indicados para análises filogenéticas. Neste trabalho foi demonstrando o uso de ferramentas de bioinformática para a melhor caracterização da diversidade, epidemiologia molecular, dinâmica populacional e determinação das relações temporal e geográfica dos vírus.

Is the anti-sarcoma and anti-viral cytokine "plasma factor" a novel chicken Y-box protein?

A line of research beginning in the early 1960s with the observation that West Nile virus and, later, several strains of rabies virus could inhibit the development of the Rous sarcoma virus-induced tumor in the wing-web of chicken (a "sarcoma-blockade") eventually culminated in the characterization of a 14-kDa circulating anti-sarcoma and anti-viral activity christened "plasma factor" (PF) which, unlike the interferons, inhibited the replication of diverse RNA-containing viruses, but not of any DNA-containing viruses. The possibility that this 14 kDa protein represented a novel antiviral cytokine has been strengthened by analysis of partial amino acid sequencing data which suggest that this 14-kDa cytokine may correspond to the 127-amino acid-long chicken YB2-like protein (Locus: XP_423576) deduced very recently from the genomic sequencing of chicken. Biologically, proteins of the Y-box family (such as chicken YB1 and YB2) not only bind DNA and thus regulate transcription but also bind single-stranded RNA in a sequence-specific and reversible manner, repress viral RNA translation, inhibit retroviral transformation of chicken fibroblasts, and are known to regulate transcription of human immunodeficiency virus and hepatitis B virus. Taken together, the available data point to a novel anti-viral cytokine with a novel mechanism of action.

Encefalite do Nilo Ocidental, nossa próxima epidemia? / Encephalitis of ocidental Nilo, disease outbreaks?

Neste trabalho, foram revistas as características clínicas e epidemilógicas das infecções pelo Vírus do Nilo Ocidental (VNO), destacando modo de transmissão, reservatórios e vetores, bem como a distribuição geográfica de aves reservatórias e suas rotas de migração no continentre americano, de forma a embasar a discussão das possibilidades de introdução do vírus no Brasil e a preposição de estratégias de vigilância adequadas à nossa realidade. A revisão foi realizada pela consulta à base de dados MEDLINE, no período 1991-2002, complementada pela utilização dos textos encontrados atrravés de mecanismos de busca da página dos Centers for Disease Control and Prevention (CDC) (home page na internet: cdc.gov.). Foram também consultados livros-texto de rconhecimento internacional, nas disciplinas pertinentes ao desenvolvimento do estudo. OVNO é um arbovírus transmitido pela picada de mosquitos infectados. o vírus infecta principalmente aves, homens e eqüinos. No homem, pode produzir desde quadros oligossomáticos até casos graves e fatais de encefalite